Compararea hartă locaţii de gene intre specii. Rezultatele aceste comparaţii indică conservarea substanţiale de blocuri de gene şi chiar mari segmente de cromozomi dintre specii. Mare utilizare pot fi făcute din acest conservarea poziţiei hartă. De exemplu, în cazul mamiferelor, aceasta înseamnă că dacă o gena a fost mapată în una sau ambele din specia intens-mapate (oameni şi şoareci), apoi locaţia probabil că gena în alte mamifere pot fi prezise cu considerabilă de încredere. Invers, dacă o cartografiat anonim ADN marker are efect pe o trăsătură cantitative (aceasta fiind orientativă a marcatorului fiind legate de un locus cantitative trăsătură (QTL)), spune, vite, apoi cunoştinţe harta comparativă între bovine şi oamenii pot identifica gene în regiunea omoloage din genomul uman care ar putea corespunde QTL. Aceste gene sunt numite gene candidate poziţional comparativă (q.v.).