O secvenţă de nucleotide - compus de obicei de nucleotide 4, 6 sau 8 - care este recunoscut de şi pentru care se leagă de un endonucleaze de restrictie (enzime de restricţie). De tip II enzimelor de restricţie (cele folosite în experimente clonarea) este, de asemenea, secvenţa în care enzima reduceri special (şi lor enzime corespunzătoare metilează) ADN, adică pentru tipul II enzime, site-ul de recunoaştere şi site-ul ţintă sunt aceeaşi secvenţă. Tip I enzime se leagă de site-ul lor de recunoaştere şi apoi Despica ADN-ul la unele post mai mult sau mai puţin aleatorii din afara site-ul de recunoaştere.