O clasă de endonucleaza care scindează ADN după recunoscând o secvenţă specifice, de exemplu, Bam H1 (5´GGATCC3´), RI Eco (5´GAATTC3´), şi Hin dIII (5´AAGCTT3´). Există trei tipuri de endonucleaze de restricție enzime:

tip I: Reduceri non-specific o distanţă mai mare decât 1000 bp din sale secvenţa de recunoaştere şi conţine activităţi de restricţie şi de metilare.

Tipul II: Reduceri la sau lângă o scurtă, şi adesea palindromică (q.v.), secvenţa de recunoaştere. A enzimei separat methylates aceeaşi ordine de recunoaştere. Acestea pot face reduceri în două direcţii de ADN-ul exact vizavi una de alta şi generează contondent capete, sau ele pot face reduceri eşalonate pentru a genera lipicios se termină. Enzime de restricţie tip II sunt frecvent exploatate în tehnologia ADN-ului recombinant.

Tip III: bucăţi de 24-26 bp în aval de o secvență de scurte, asimetrice de recunoaştere. Necesită ATP şi conţine activităţi de restricţie şi de metilare.