O metodă pentru separarea moleculelor prin exploatarea capacitatea lor de a se leagă în mod specific de alte molecule. Există mai multe tipuri de cromatografie de afinitate biologice. A moleculei biologic poate fi imobilizat şi o molecula mai mici (ligand, q.v.,) la care este legat poate fi blocat, sau ligand mai mici poate fi imobilizat şi macromoleculă blocat la acesta. Varianta de A este de a utiliza un anticorp ca molecula imobilizat şi să-l utilizaţi pentru a "captura" sale antigeni: acest lucru este adesea numit imuno-afinitate cromatografie. A variaţie este cromatografia de pseudo-afinitate, în care un compus care este ca un ligand biologice este imobilizat pe un material solid, şi enzime sau alte proteine sunt obligate să-l. Alte tehnici includ cromatografie de afinitate din metal, în cazul în care un ion metalic este imobilizat pe un suport solid: metal ioni se leagă strâns şi în mod special de multe biomoleculelor. Metal ion este legată la un grup de Chelatorul sau de chelatare, un grup chimice, care se leagă în mod specific şi extrem de bine la acest metal.