Procesul de recombinare care inserează o molecula de ADN-ul mic (de obicei, prin recombinare omoloage) într-un unul mai mare. În cazul în care moleculele sunt circulare, integrarea presupune doar o singură crossing-over; dacă liniare, apoi două puncte de trecere de-a lungul sunt necesare. Un exemplu bine cunoscut este integrarea fage λ (lambda) ADN-ului în E. coli genomului.