O clasă de enzime care degradeaza molecule de ADN sau ARN prin taierea unei obligaţiuni phospho-diester care se leagă de nucleotide adiacente. În deoxyribonuclease (DNase), substratul este ADN-ul. În endonucleaze, se scindează la site-uri interne în moleculei de substrat. Exonuclease progresiv scindează la sfârşitul a moleculei de substrat. În ribonuclează (RNase), substratul este RNA. În S1 nuclează, substrat este single-stranded ADN sau ARN-ului. Nucleases au grade diferite de specificitate de secvenţă de bază, cele mai specifice fiind endonucleaza de restrictie.