Secvenței nucleotidice specifice în ADN-ul care este recunoscut de un endonucleaze de restricție tip II şi în care se face o reducere de dublu-stranded. Restricția de site-uri, de obicei, format din patru sau şase perechi de bază sunt de obicei palindromică (q.v.),

exemplu, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

două aspecte pot fi tăiate fie vizavi una de alta, pentru a crea contondent capete, sau într-o manieră eşalonate, dând lipicios termină, în funcţie de enzime implicate.