Procesul prin care o secvenţă transposon sau inserţie inserează în sine un nou site pe aceeaşi sau la altă moleculă de ADN. Exact mecanismul nu este pe deplin înţeles şi transposons diferite pot transpune prin diferite mecanisme. Transpunerea în bacterii nu necesită ample ADN omologie între transposon şi ţintă ADN-ului. Fenomenului, prin urmare, este descris ca nelegitim recombinare.