Тип маркеров ДНК, порожденных пищеварение геномной ДНК с двумя энзимами ограничения для создания многих фрагментов ДНК, перевязка специфических последовательностей ДНК (называемых адаптеров) к концам этих фрагментов, амплификация фрагментов через ПЦР (с помощью набора праймеров с последовательностями, соответствующие адаптеры, плюс различные случайные комбинации из трех дополнительных баз в конце)и визуализация фрагментов через гель-электрофорез. ПЦР будет усилить любой фрагмент которого последовательности происходит начать с любого из трех база последовательностей в наборе праймеров. ПДАФ имеют важное преимущество, что многие маркеры можно с относительно небольшими усилиями. , Они являются весьма полезным средством для количественной оценки степени генетического разнообразия внутри и между популяциями. Их основной недостаток заключается в том, что они не являются специфическими для конкретного локуса и, потому, что они оцениваются как наличие или отсутствие группы, heterozygotes нельзя отличить от рецессивной, то есть, они наследуются в доминирующей моды.