Идентифицировать последовательность ДНК, которая облегчает изучение наследования признака или ген. Такие маркеры используются в сопоставлении порядок генов вдоль хромосомы и после наследования конкретных генов: обычно наследуются гены, тесно связаны с маркера с ним. Маркеры должны быть легко узнаваемы в фенотипе, например, контролируя функцию легко наблюдаемые (например, цвет глаз), или, будучи легко обнаруживаемая молекулярной средствами, например, микроспутник маркеры (сахара). S ee гена отслеживания.