Небольшой стеклянной поверхности, к которой была исправлена массив ДНК фрагментов, каждый из которых определено место. A типичные ДНК чип будет содержать 10 000 дискретных точек (каждый из которых содержит различные фрагмент ДНК) в районе всего в несколько квадратных сантиметров. Когда решение дневно меченных ДНК фрагментов гибридизированных к чипу, пятна, на которые происходит гибридизация видны как флуоресценции. , Если пятна на чипе являются гены (выражена последовательность тегов, сахара), гибридизация с cDNA от конкретной ткани показывает, какие гены выражены в этой ткани. Если пятна являются короткие, синтезированные олигонуклеотиды (примерно 25 баз) соответствует той частью ген, содержащий единичных нуклеотидных полиморфизмов (SNP)(q.v.), с отдельным местом для каждого из 4 возможных баз на этом сайте, гибридизации с геномной ДНК из отдельных растений или животных позволяет, что отдельные быть генотипируемого на как многие SNP локусов как представлены на чипе. Большой преимущество чипов ДНК – степени, к которому процесс генотипа может быть автоматизирована, что позволяет огромное количество растений или животных, чтобы быть генотипируемого на огромное количество локусов.