Два или более участков ДНК в пределах одной молекулы, которые имеют ту же последовательность нуклеотидов в ту же ориентацию. Прямые повторы могут быть далеки друг от друга на той же молекулы или прилегающих друг к другу. Например

TATTA...TATTA

ATAAT...ATAAT