Эндонуклеазы ограничения II типа, который связывает (и впоследствии отщепляет) ДНК на участках, которые содержат последовательность четырех пар нуклеотидов, однозначно признается, что фермент. Потому что любой последовательности из четырех баз более часто происходит случайно, чем любая последовательность из шести баз, четыре база фрезы расщеплять более часто, чем шести база фрезы. Таким образом, четыре база фрезы создают более мелкие фрагменты, чем шести база фрезы.