Того ограничения фермента с ДНК образца при определенных условиях или для ограниченного периода времени, таким образом, что расщепляется только доля целевых сайтов в любой отдельные молекулы. Частичная дайджесты часто выполняются дать коллекции перекрывающихся фрагментов ДНК, для использования в строительстве банка генов.