Нуклеотидные последовательности - обычно состоит из 4, 6 или 8 нуклеотидов - распознается и на который связывает эндонуклеазы ограничения (энзима ограничения). Для типа энзимов ограничения II (те, которые используются в экспериментах клонирование гена) это также последовательность, в которой фермент специально режет (и их соответствующие ферменты метилируем) ДНК, то есть, для типа II ферментов, признание сайта и целевого сайта являются той же последовательности. Типа ферментов привязать к их сайту признание и затем расщеплять ДНК в некоторых более или менее случайных позиции за пределами этого сайта признание.