Возникновение различия в длине ДНК фрагментов, производятся после расщепления с эндонуклеазы ограничения II типа. Различия в ДНК длиной, из-за наличия или отсутствия признания настоящего сайта для этой конкретной энзима ограничения. RFLPs были первоначально обнаружены с помощью гибридизации с ДНК-зондов после разделения переваренной геномной ДНК электрофорезом геля (Южный анализ). , Теперь они обычно обнаруживаются электрофорезом переваренной продукта PCR.