Конкретные нуклеотидной последовательности в ДНК, которая распознается эндонуклеазы ограничения II типа и в рамках которого он делает разрез двуцепочечной. Ограничения сайтов обычно включает четыре или шесть пар нуклеотидов, которые обычно являются рецидивирующий (сахара),

например, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

две пряди могут быть сокращены либо напротив друг друга, для создания тупыми концами, или в шахматном порядке, давая липкие концы, в зависимости от участвующих ферментов.