Эндонуклеазы ограничения II типа, который связывает (и впоследствии отщепляет) ДНК на участках, которые содержат последовательность шести пар нуклеотидов, однозначно признается, что фермент. Потому, что любая последовательность из шести баз происходит менее часто случайно чем любая последовательность из четырех оснований, шесть база фрезы прилепится реже, чем четыре база фрезы. Таким образом, шесть база фрезы создать более крупных фрагментов, чем четырех база фрезы.