Malé sklenené plochy na ktoré nebola stanovená rad DNA fragmentov, každý má definované miesto. A typické DNA čip bude obsahovať 10 000 diskrétne škvrny (každá obsahuje iný fragment DNA) v priestore niekoľkých málo štvorcových centimetrov. Keď riešenie fluorescenčne označených DNA fragmentov je hybridizovaly čip, škvrny sa vyskytuje hybridizácie sú viditeľné ako fluorescencia. Ak sú škvrny na čipe gény (vyjadruje poradie značiek, alternatívne metódy riešenia), hybridizácia s cDNA z konkrétnej tkaniva ukazuje, ktoré gény sú vyjadrené v tomto tkanive. Ak spoty sú krátke, syntetizovaný oligonucleotides (približne 25 z·klady) zodpovedá tej časti génu obsahujúce polymorfizmy nukleotidov (SNP)(q.v.), samostatné spot pre každú zo 4 možných základní v danej lokalite, hybridizácia s genomická DNA z jednotlivých rastlinných alebo živočíšnych umožňuje, že jednotlivé byť genotyp v toľko SNP loci ako sú zastúpené na čipe. Veľkou výhodou DNA čipy je rozsah, ku ktorému proces genotypizácia zautomatizovať, čím umožňuje veľké množstvo rastlín a živočíchov sa genotyp obrovské množstvo lokusov.