Metóda na oddeľovanie molekúl využívaním ich schopnosť viazať konkrétne k iným molekulám. Existuje niekoľko typov biologickej spriaznenosti chromatografie. A biologické molekuly sa dá dopraviť menšie molekuly (ligand, alternatívne metódy riešenia,) ktorá je viazať môže byť prilepené na to, alebo menšie ligand môže byť imobilné a makromolekuly prilepené na to. A variantom je použitie protilátky ako dopraviť molekuly a používať ho "zachytiť" jeho antigén: to je často nazývaný chromatografie afinity imuno. A variácie je chromatografie pseudo-afinity, v ktorom je zlúčenina, ktorá je ako biologické ligand imobilizovaných na pevný materiál, a enzýmy a iné bielkoviny sú naň viazané. Iné techniky zahŕňajú chromatografie afinity kovov, ak kovový ión znehybnený na pevný podklad: kovové ióny pevne zviazať a konkrétne na mnohých biomolekúl. Kovových iónov je viazaný na skupinu chelator alebo Chelátové, chemické skupiny, ktorá výslovne a veľmi pevne sa viaže na tento kov.