Organického uhlíka, ktorý tvorí biologických čerpadlo je transportované predovšetkým potopenie materiály v podobe častíc, napríklad uhynuté organizmy (vrátane rias podložky) alebo fekálne peliet. Však niektoré uhlíka dosiahne hlboké oceánske ako rozpustený organický uhlík (DOC) fyzické dopravou procesy ako downwelling, ako sa potápí. Uhlíka čerpadla.