Technika, ktorá umožňuje dva segmenty súborov duplexné DNA, ktoré sú oddelené tisíce bázových párov (okolo 200 kb) na klonovaných dohromady. Po sub-klonovanie, každý segment môže byť použitý ako sonda identifikovať klonovaných sekvencií DNA, ktoré na chromozómovej úrovni, sú zhruba 200 kb od seba.