Zmena v štruktúre hrubého chromozómu, zvyčajne spôsobujú vážne škodlivé účinky v organizme. , Ktoré sú často spôsobené chyby pri párovaní počas fázy crossing-over Meióza. Hlavné typy Chromozómové mutácie sú premiestnenie, duplicite, odstránenie a inverzie.