Typ II obmedzenia endonukleázy viaže (a následne štiepi) DNA na stránky, ktoré obsahujú postupnosť štyroch párov nukleotidov jednoznačne uznáva enzýmu. Pretože akákoľvek postupnosť štyroch základní vyskytuje častejšie náhodou ako ľubovoľnú sekvenciu šesť základov, štyri-base frézy štiepiť častejšie než šesť-base frézy. Teda, štyri-base frézy vytvárať menšie úlomky ako šesť-base frézy.