Nukleotidovej sekvencie - typicky skladá z nukleotidov 4, 6 alebo 8 - ktoré je uznané a na ktoré viaže obmedzenia endonukleázy (reštrikčných enzýmov). Pre typ II reštrikčných enzýmov (ktoré sa používajú v klonovanie génov experimenty) je tiež poradie v rámci ktorej enzým špeciálne kusy (a ich zodpovedajúce enzýmy metyluje) DNA, t.j. pre typ II enzýmy, lokalite uznania a cieľovej lokality sú rovnaké poradie. Typu I enzýmy viazať svoje uznanie webu a potom štiepiť DNA niektoré viac či menej náhodný pozície mimo lokality uznanie.