Odpadových vôd je jedným z najrozšírenejších biotechnologických procesov v západných spoločnostiach, vysporiadať sa s veľkým množstvom ľudského a živočíšneho odpadu, ktoré produkujú takých spoločností. Kanalizácia liečebné metódy sa líšia, ale všetky majú biologický základ rozkladajú organický materiál kanalizácie a previesť ju do niečoho, ktorý môže byť bezpečne vypúšťaný do životného prostredia (zvyčajne riek a morí).