Typ II obmedzenia endonukleázy viaže (a následne štiepi) DNA na stránky, ktoré obsahujú sled šesť párov nukleotidov, ktorý je jedinečne uznávaný enzýmu. Pretože akákoľvek postupnosť šesť základní sa vyskytuje zriedkavejšie náhodou než akákoľvek postupnosť štyroch základní, šesť-base frézy štiepiť zriedkavejšie ako štyri-base frézy. Teda, šesť-base frézy vytvoriť väčšie kamene ako štyri-base frézy.