Proces ktorým postupnosti transposon alebo vloženie samotného vloží do novej lokality na tom istom alebo inom molekuly DNA. Presný mechanizmus nie je úplne objasnený a rôznych Transpozóny môžu transponovať rôznymi mechanizmami. Transpozície v baktérie nevyžaduje žiadne rozsiahle DNA homológie medzi transposon a cieľovou DNA. Javu je preto popisovaný ako nelegitímny rekombinácie.