Zaporedje nukleotidov - običajno sestavlja 4, 6 ali 8 nukleotidi - ki je priznana z in ki veže endonukleazami (restrikcijskih encimov). Za tip II omejitev encimov (tistih, uporabljenih za poskuse kloniranje gena) prav tako je zaporedje, v katerem encim posebej kosi (in njihovih ustreznih encimov se metilira) DNK, tj, za tip II encimov, priznanje mesta in ciljnega mesta so v enakem zaporedju. Vnesite sem encimih vežejo na njihovo spletno stran priznanje in nato cepila DNK v nekaj bolj ali manj naključno mesto zunaj mesta priznanje.