Majhne steklene površine, ki je bil določen niz DNK fragmenti, vsaka z določeno mesto. A tipičen DNK čip bi vsebovala 10 000 diskretne točke (vsaka vsebuje različne fragment DNA) na območju nekaj kvadratnih centimetrov. Ko rešitev fluorescently označenih DNK fragmenti hybridized za čip, ki pride do hibridizacija te lise so vidne kot fluorescence. Če lise na čipu so geni (izražena zaporedje tags q.v.), hibridizacija z cDNA iz posebno tkivo kaže, kateri geni so izražene v tem tkivu. Če lise so kratki, sintetizira oligonucleotides (približno 25 baze) ustreza tisti del gena, ki vsebujejo enega nukleotida (SNP)(q.v.), z ločeno spot za vsako 4 možne baze na tem mestu, hibridizacija z genomske DNA iz posameznih rastlin ali živali omogoča, da posamezna bodo genotipizirane, naj v čim več SNP loci kot so zastopani na čipu. Je velika prednost DNK čipov je v obsegu, ki je lahko proces genotipizacije samodejen, čimer ogromno število rastlin ali živali, ki bodo genotipizirane, naj za ogromno število loci.