Metoda za ločevanje molekul z izkoriščanjem njihovo sposobnost, da vežejo posebej na druge molekule. Obstaja več vrst bioloških Afinitetna kromatografija. A biološke molekule lahko umakne iz prometa in manjše molekule (ligand, q.v.,), ki je zavezujoč lahko zaljubljen, ali manjši ligand se lahko zbrana in je makromolekula zaljubljen v to. A varianta je protitelo umakne iz prometa molekule ter raba "ujeti" njegovo antigen: to se pogosto imenuje imuno-Afinitetna kromatografija. A variacije je psevdo-Afinitetna kromatografija, v katerem spojino, ki je kot biološki ligand zbrana na trdne snovi, in encimov ali drugih proteinov, ki so vezani na to. Druge tehnike vključujejo kovinsko Afinitetna kromatografija, kjer kovinski ion je zbrana na trdna podpora: kovinskih ionov veže tesno in posebej za mnoge biomolekule. Kovinski ion je vezan na skupino chelator ali kelatne, kemijske skupine, ki se veže posebej in zelo tesno da kovine.