Primerjava zemljevid lokacije genov med vrstami. Rezultati te primerjave kažejo precejšnje ohranjanje bloki genov in celo velike segmentov kromosomov med vrstami. Veliki moči bodo uporabljale ta ohranjanje položaja zemljevid. Na primer, pri sesalcih, to pomeni, da če gen je bila preslikana v eno ali obe vrste intenzivno kartograf (ljudje in miši), potem verjetno mesto gen v drugi sesalci lahko predvidi s precejšnjo zanesljivostjo. Nasprotno, če preslikane anonimni DNK označevalec vpliva na količinske lastnost (tega se okvirno marker, da so povezane z kvantitativna lastnost locus (QTL)), pravijo, govedo, torej znanja primerjalne zemljevida med govedo in ljudeh lahko identificirati gene regiji homolognih človeškega genoma, ki lahko ustrezajo v QTL. Ti geni se imenujejo primerjalne pozicijska kandidat genov (q.v.).