A tip II endonukleazami ki veže (in kasneje cepi) DNA na mestih, ki vsebujejo zaporedje štirih parov nukleotidov, ki je enolično prizna encima. Ker poljubno zaporedje štirih baze pojavlja pogosteje po naključju kot katero koli zaporedje šestih bazah, štiri-base rezalniki cepila pogosteje, kot šest-base rezila. Torej, štiri-base rezalniki ustvariti manjše fragmente kot šest-base rezila.