Razred encimov, ki razgrajujejo DNA ali RNA molekul z cleaving phospho diester obveznice, ki povezujejo sosednjih nukleotidov. v deoxyribonuclease (paket), substrat je DNK. v endonuclease, ga cepi na notranji strani v molekulo substrata. Exonuclease postopoma cepi od konca s molekulo substrata. v ribonukleazo (RNase) substrat je RNA. V S1 nuclease, substrat je eno nasedli DNA ali RNA. Nucleases imajo različno specifičnosti base-zaporedje, najbolj posebnih se omejitev endonucleases.