Razred endonucleases, ki cepi DNK po spoznanju določeno zaporedje, npr., Bam H1 (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´) in Hin dIII (5´AAGCTT3´). Obstajajo tri vrste endonukleazami encimov:

tip I: kosi nespecifično razdalja večja od 1000 bp iz svoje priznanje zaporedje in vsebuje omejitev in Metiliranje dejavnosti.

Tip II: Kosi v ali v bližini kratek, in pogosto Palindromno (q.v.), prepoznavanje zaporedja. A ločeno encim methylates isto zaporedje priznanje. So lahko kosi v dveh pramenov DNA točno nasproti drug drugega in ustvarjajo topim konča, ali lahko dajo razporediti kosi za ustvarjanje lepljivo konča. Tipa II omejitev encimi so tisti, ki pogosto izkoriščajo rekombinantne DNK tehnologije.

Tipa III: kosi 24-26 bp nizvodno od kratkih, asimetrični priznanje zaporedje. Zahteva ATP in vsebuje omejitev in Metiliranje dejavnosti.