Pojav spremembe dolžine DNK delci, proizvedenih po razkrajanja z II endonukleaze tipa. So razlike v DNA dolžin zaradi prisotnosti ali odsotnosti mest(-a) priznanje za to posebno restrikcijskih encimov. RFLPs sprva odkrili hibridizacije z sonde DNA po ločitvi Razklopljeni genomov DNA z elektroforezo v gelu (južni analize). Zdaj so po navadi zazna z elektroforezo Razklopljeni produkta PCR.