Polimorfizem (q.v.) na posebno osnovno mestu kodira zaporedje, npr., na osnovi 306 v poseben gen, en posameznik lahko heterozygous za a in G: mater alel bi a na tem mestu, medtem ko Očinski alel je a g na tem mestu. Ta vrsta polimorfizem je obsežno celotnem genomu in ima veliko prednost, saj so zaznavna brez potrebe za elektroforezo v gelu, ki odpira pot za obsežne avtomatizacije genotipizacije.