A tip II endonukleazami ki veže (in kasneje cepi) DNA na mestih, ki vsebujejo zaporedje šest parov nukleotidov, ki je enolično prepozna encima. Ker poljubno zaporedje šest osnov redkeje pride po naključju kot katero koli zaporedje štirih baz, šest-base rezalniki cepila redkeje kot štiri-base rezila. Torej, šest-base rezalniki ustvariti večje delce kot štiri-base rezila.