En form av VNTR (se) där de upprepa enheterna (se) vanligtvis sträcker sig från 10 till 100 baser. De upptäcks oftast av södra hybridisering (se), med hjälp av en sond som består av en klon av upprepa enheten. Första DNA fingeravtryck (se) var minisatellites identifieras på detta sätt. Minisatellites tenderar att vara belägen i ändarna av kromosomer och i regioner med en hög frekvens av rekombination.