En nukleotidsekvensen - består vanligtvis av 4, 6 eller 8 nukleotider - som är erkänt av och till som en begränsning Amiiiiin (restriktionsenzym) röror. För typ II restriktionsenzym (de används i gen-kloning experiment) det är också den sekvens där enzymet specifikt skär (och deras motsvarande enzymer methylate) DNA, dvs för typ II enzymer, webbplatsen erkännande och målplatsen är samma sekvens. Typ I enzymer binder till deras erkännande webbplats och sedan klyva DNA på vissa mer eller mindre slumpmässig position utanför erkännande webbplatsen.