En form av VNTR (se). Specifikt, ett segment av DNA som kännetecknas av förekomsten av ett varierande antal kopior (från ett fåtal upp till 30 eller så) av en sekvens av runt 5 eller färre baser (kallas en upprepa enhet, se). A typiska mikrosatellit är upprepa enheten AC, som inträffar vid ungefär 100 000 olika platser i en typisk däggdjur genomet. På alla en plats (locus), det finns oftast flera olika "alleler," varje identifierbar efter antalet upprepade enheter. Dessa alleler kan påvisas med PCR (se), använda primer från den unika sekvens som ligger på vardera sidan av mikrosatellit. När the PCR produkten körs på en elektrofores gel, alleler ses att skilja sig åt i längd i enheter motsvarar storleken på upprepa enheten, t.ex., om primers motsvarar sekvensen unika omedelbart på vardera sidan av mikrosatellit varje 20 baser länge och är en individ är heterozygot för en AC mikrosatellit med en allel som består av 5 repetitioner och den andra består av 6 repetitioner, heterozygote kommer att ställa ut två band på gel, ett band som 20 + (2 × 5) + 20 = 50 baser länge, och den andra allelen är 20 + (2 × 6) + 20 = 52 baser långa. Mikrosatelliter har varit den vanliga DNA-markören: de kan lätt påvisas med PCR, och de tenderar att vara jämnt placerade över hela genomet. Tusentals har kartlagts i många olika arter.