En liten glass yta som har fastställts en mängd DNA fragment, vardera med en definierad plats. A typiska DNA chip skulle innehålla 10 000 diskreta ställen (varje innehållande ett olika DNA-fragment) i ett område med bara några kvadratcentimeter. När en lösning av fluorescently märkt DNA fragment är hybridiseras till chip, ställen som förekommer hybridisering är synlig som fluorescens. Om fläckarna på chip är gener (uttryckt sekvens Taggar, se), hybridisering med cDNA från en viss vävnad visar vilka gener uttrycks i denna vävnad. Om fläckarna är kort, syntetiserade oligonukleotider (cirka 25 baser) motsvarar den del av en gen som innehåller en enda nukleotid polymorfismer (SNP)(q.v.), med en separat plats för var och en av 4 möjliga baser på den webbplatsen, hybridisering med genomiskt DNA från en enskild växt eller djur gör att enskilda vara genotypbestämts på så många SNP lokus som är representerade på chip. Den stora fördelen med DNA-chips är den utsträckning som processen för genotypning kan automatiseras, vilket innebär att stora mängder av växter eller djur att vara genotypbestämts för ett stort antal loci.