En metod för att separera molekyler genom att utnyttja deras förmåga att binda specifikt till andra molekyler. Det finns flera typer av biologiska affinitet kromatografi. A biologiska molekyl kan vara beskaffade och en mindre molekyl (liganden, överflyttningen,) som det är att binda kan vara fast, eller mindre liganden kan vara orörlig och makromolekyl fastnat på den. A variant är att använda en antikropp som immobiliserade molekylen och använda den för att "fånga" sitt antigen: Detta kallas ofta immuno-affinitet kromatografi. A variation är pseudo affinitet kromatografi, där en förening som är som en biologisk ligand är orörlig på ett fast material, och enzymer och andra proteiner är bundna till den. Andra tekniker inkluderar metall affinitet kromatografi, där en metall Jon är orörlig på ett fast stöd: metall jonerna binder hårt och speciellt till många biomolekyler. Metall Jon är bunden till en kelatorn eller kelat group, en kemisk grupp som binder specifikt och extremt tätt till den metallen.