En aminosyrasekvens som har utvecklats till ett protein som underlättar rening. Dessa kan arbeta i ett antal sätt. Etiketten kan vara ett annat protein, som binder till vissa andra material mycket tätt och därmed så proteinet som renas genom affinitet kromatografi (se). Etiketten kan vara en kort amino syra ordnar, som är erkänd av en antikropp. Antikroppen skulle sedan binda till proteinet medan det inte skulle ha gjort så innan. En sådan kort peptid, kallas flaggan, har utformats så att det är särskilt lätt att göra antikroppar mot den. Etiketten kan vara några aminosyror, som sedan används som en kemisk tagg på proteinet. Till exempel, en sträng av positivt laddade aminosyror binder mycket starkt till ett negativt laddade filter: detta skulle kunna användas som grund för en separationssystem. Vissa aminosyror binder metaller mycket starkt, särskilt i par: denna kemiska egendom kan utnyttjas genom att använda ett filter med metall atoms kemiskt bundet till det för att dra ett protein från en blandning av proteiner.