En dubbelsträngat DNA-molekylen eller hybrid-DNA-RNA, där varje del är av ett annat ursprung, och följaktligen som innehåller en eller mer omaka (icke-kompletterande) baspar. A DNA duplex bereds genom hybridisering av enkelsträngat DNA-molekyler som härrör från två olika källor. Där de två DNAs har identiska eller mycket lika sekvenser, en dubbelsträngat molekyl skall inrättas, där de två DNAs skiljer sig åt i sekvens, enkelsträngat regioner kommer att förbli. En heteroduplex kommer att avslöjas som singel-strand "buskar" när DNA observeras elektron mikroskopiskt. En karta över homologa och icke-homologa regioner av de två molekyler kan därmed byggas. Denna process som kallas heteroduplex mappning.