En klassificeringsmetod som anger vilka plasmider kan samexistera i en enskild cell. Plasmider måste tillhöra olika oförenlighet grupper att samexistera i samma cell. Plasmider som tillhör gruppen samma oförenlighet är instabila när den placeras i samma cell. A plasmid kloning vektor bör alltid tillhör en oförenlighet grupp för den värd bakterien endogena plasmider.