En metod för att separera nukleinsyra eller proteinmolekyler enligt deras molekylär storlek. Molekylerna vandrar genom matrisen inert gel under påverkan av ett elektriskt fält. För protein sida, tvätt-och rengöringsmedel som sodium dodecyl sulfat (SDS) läggs ofta att se till att alla molekyler har en enhetlig avgift. Sekundär struktur kan ofta leda till avvikande migrationen av molekyler. Därför är det vanligt att denaturera proteiner prover genom att koka dem innan sidan. För nucleic syror, denatureringen agenter som formamid, urea eller metyl kvicksilver aluminiumhydroxid ingår ofta i gelen, som också kan köras vid hög temperatur. Sidan används för att skilja produkter från DNA-sekvensering reaktioner och de geler som anställd denaturering mycket, eftersom molekyler skiljer sig i storlek av en enda nukleotid måste lösas.