En metod för sekvensering länge (> 1 kb) klonade bitar av DNA. Ursprungliga sekvensering reaktion visar sekvensen av de första några hundra nukleotiderna klonade DNA. På grundval av dessa uppgifter, en primer som innehåller om 20 nukleotider och komplement till en sekvens i slutet av sekvenserade DNA syntetiseras och används sedan för sekvensering av nästa par hundra nukleotider klonade DNA. Proceduren upprepas tills fullständig nukleotidsekvensen av klonade DNA bestäms.