En teknik som med hjälp av enkel, kort (vanligen 10-mer) syntetiska oligonukleotiden primers för PCR. Primer, vars sekvens har valts på slumpmässiga, initierar replikering vid dess kompletterande platser på DNA, producerar fragment upp till ca 2 kb lång, som kan vara avgränsade med elektrofores och färgade med etidiumbromid. En primer kan uppvisar polymorfism mellan individer, och polymorfa fragment kan användas som markörer.