En klass av endonucleases som klyver DNA efter erkänner en viss sekvens, t ex Bam H1 (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´), och Hin dIII (5´AAGCTT3´). Det finns tre typer av begränsning Amiiiiin enzymer:

typ I: skär icke-specifikt avstånd större än 1000 bp från dess erkännande sekvens och innehåller både begränsning och metylering.

Typ II: Nedskärningar på eller nära en kort, och ofta palindromic (se), erkännande sekvens. A separat enzymet methylates samma erkännande sekvens. De kan göra nedskärningarna i de två DNA-strängar exakt mitt emot varandra och generera trubbiga slutar, eller de kan göra vacklade nedskärningar att generera klistriga ändar. Typ II restriktionsenzym är de ofta utnyttjas i rekombinant DNA-teknik.

Typ III: skär 24-26 bp nedströms från en kort, asymmetrisk erkännande sekvens. Kräver ATP och innehåller både begränsning och metylering aktiviteter.